眼科为公安部边防局确定的四个重点学科之一，科室于2000年组建独立的门诊和住院部，床位编制为30张，医护人员22人，8名医生中主任医师2名，副主任医师3名，博士1名，硕士1名，在保证为部队官兵服务的前提下，全面向社会开放。做为重点科室，先后接待国内各省市自治区的眼病患者，还接待东南亚地区及加拿大土耳其的眼病患者来就医。眼科组建以来，先后获得省部级科技成果二等奖二项、三等奖六项，其中湟鱼角膜移植治疗单疱病毒性角膜溃疡研究项目，填补了国内技术空白，在国际上也保持了领先。人工角膜植入治疗全角膜白斑盲人，为过去医学认为再不可能医治的全角膜白斑盲人来讲，带来了重见光明的希望。